Nell’anno 1844, il sacerdote don Eugenio Bonoli, con l’appoggio di Mons. Silo, arciprete della Cattedrale, aprì nel sobborgo di San Vitale una piccola casa per ricoverare alcune povere fanciulle rimaste orfane o abbandonate dai genitori.
Col ricovero si pensò pure di fornire alle fanciulle il vitto e i necessari indumenti, applicarle ai lavori femminili o di setificio e dar loro conveniente educazione.
La casa di ricovero nacque priva di beni e viveva di elemosine.
Si mantenne con la liberalità dei privati, con assegni di beneficenza dell’opera pia Gallio e della Congregazione della Carità, e con i guadagni che le fanciulle ricoverate si procuravano con il loro lavoro.
Successivamente, in conseguenza di numerosi lasciti e donazioni, la Pia Casa cominciò a costruirsi un piccolo patrimonio.
Nel 1864 il Municipio di Como, riconosciuto il buon andamento e l’utilità della nuova istituzione, inoltrò istanza al Governo affinché la si erigesse in Ente Morale; ciò avvenne con Decreto Reale del 28 Marzo 1864, con la denominazione di “Istituto delle Zitelle Povere e Pericolanti”. L’amministrazione fu affidata al Consiglio Amministrativo dell’Orfanotrofio Femminile dell’Immacolata e don Bonoli fu chiamato a farne parte.
Con Decreto Reale del 17 settembre 1869, l’Istituto delle Zitelle Povere e Pericolanti e quello della Presentazione di S. Martino vennero resi autonomi dall’Orfanotrofio Femminile dell’Immacolata e ricevettero un proprio Consiglio di Amministrazione, mantenendo però ciascun Istituto una propria distinta gestione.
Nel settembre del 1872, l’Amministrazione dell’Istituto delle Zitelle Povere, aiutata dalle elargizioni di numerosi cittadini, acquistò una civile casa di abitazione, sita in Valduce e vi costruì la propria sede.
Nell’anno 1885 si comprese che la casa in Valduce, oltre a non essere più adatta all’Istituto per questioni igieniche e morali, era assolutamente insufficiente a contenere il sempre crescente numero delle ricoverate e a soddisfare le continue domande di ammissione, perciò il Consiglio di Amministrazione dovette pensare alla costruzione di un fabbricato più alto e più conforme allo scopo.
Tale edificio fu costruito nella più salubre posizione della campagna di Sant’Agata lungo la Via Briantea.
La spesa fu rilevante, ma vi concorse generosamente la carità di illustri persone; la costruzione, iniziata il 23 febbraio 1887, fu ultimata nel maggio 1888.
Le Suore Dorotee ebbero per più di un secolo la conduzione dell’istituzione, fino al settembre 1984, quando l’attività educativa fu affidata alla Cooperativa Scolastica Beato Innocenzo XI° (scuole elementari e medie), mentre cominciava a perfezionarsi il progetto di un Centro studi a carattere universitario riguardante le discipline di Interpretariato, Belle Arti e Restauro. Tali corsi ebbero inizio con l’anno scolastico 1988/89.
Il 17 marzo 1995 fu inaugurata la sede dell’ENAIP, ente che si impegna nel sostegno della scuola professionale sul nostro territorio.
Questa attività si aggiunse a quella non meno significativa della Scuola Bottega, dove ragazzi e ragazze, con problemi individuali e di famiglia, si formavano all’istruzione e si preparavano gratuitamente ad un lavoro artigianale; dal 1995 fu presa in gestione direttamente dall’Istituto Bonoli, che da lunghi anni la ospitava.
Con questa attenzione al filone della scuola, l’Istituto Bonoli, nella sua più moderna attività, si è mantenuto in linea con le finalità statutarie; dopo l’impostazione iniziale infatti il concetto di Scuola e Formazione si è consolidato, motivando la qualifica di IPAB (Istituto Pubblica Assistenza e Beneficenza), successivamente trasformata in ONLUS in virtù della Delibera Regionale VII/16537 del 27/2/2004.
Attualmente, oltre alla scuola professionale ENAIP, la Fondazione ospita anche l’Accademia di Belle Arti “Aldo Galli”.
Il Consiglio di Amministrazione della Fondazione don Eugenio Bonoli – ONLUS è composto da sette membri, tre nominati dalla Regione Lombardia, due dal Consiglio Comunale di Como e uno dal Vescovo.
A queste sei persone si aggiunge quale membro di diritto il Parroco di Sant’Agata.